O Conselho Científico é uma instância colegiada, de natureza técnico-científica, vinculada à Gerência de Pesquisa, a qual está subordinada à Diretoria de Inovação, Ensino e Pesquisa. Tem como finalidade prestar consultoria científica aos projetos de pesquisa realizados dentro das unidades do IGESDF, assessorando os pesquisadores quanto a possíveis melhorias no desenho metodológico de suas pesquisas. Também tem como objetivo emitir relatório para subsidiar a decisão sobre anuência da Diretoria de Inovação, Ensino e Pesquisa para que as pesquisas ocorram na Instituição e consequentemente facilitar a posterior aprovação no Comitê de Ética em Pesquisa (CEP) do IGESDF. Os profissionais do Conselho Científico foram cuidadosamente escolhidos e convidados a compor esta entidade, e é formado por uma equipe multiprofissional capacitada e experiente englobando a medicina, enfermagem, fisioterapia, serviço social e odontologia.