Para realizar pesquisas livres no IGESDF, o pesquisador interno ou externo precisa submeter seu protocolo de pesquisa ao fluxo de submissão de projetos de pesquisa.
As pesquisas clínicas patrocinadas recebem orientações específicas dados pelo Núcleo de Pesquisa Clínica. Temos como objetivos: incentivar o desenvolvimento de pesquisas no IGESDF a publicação de editais de Iniciação Científica e de fomento, efetivar o cadastramento de grupos de pesquisa no diretório de pesquisas do CNPq, e ainda fornecer consultorias relacionadas ao processo de submissão administrativo e metodológico. O Instituto conta ainda com o Conselho Científico que avalia os projetos de pesquisa quanto aos possíveis riscos institucionais.
Todo projeto de pesquisa que fizer uso de dados oriundos das unidades do Instituto de Gestão Estratégica de Saúde do Distrito Federal deverá passar pelo fluxo de pesquisa institucional do IGESDF.
