Gerência de Pesquisa – GERPE da Diretoria de Inovação, Ensino e Pesquisa – DIEP é responsável pela gestão do Centro de Pesquisa Clínica do IGESDF, tendo como objetivos principais e finalidade a promoção e o desenvolvimento da pesquisa científica na instituição, bem como a regulamentação e disseminação dos fluxos de submissão de projetos de pesquisa e orientação, suporte e monitoramento das pesquisas realizadas no IGESDF. Esta Gerência possui dois Núcleos, Núcleo de Apoio ao Pesquisador – NAPES e Núcleo de Pesquisa Clínica – NUPEC.
O Núcleo de Apoio ao Pesquisador auxilia os pesquisadores no desenvolvimento de projetos de pesquisa, na análise de dados, na gestão administrativa de projetos, na divulgação científica, faz a gestão da Revista Saúde e Inovação, dos Editais internos de Fomento e Iniciação Científica e do Diretório de Grupos de Pesquisa da instituição junto ao CNPq. Este Núcleo também presta consultorias de estatística, utilização da Plataforma Brasil, RedCap, dentre outros serviços.
O Núcleo de Pesquisa Clínica, por sua vez, é responsável pela coordenação e condução de estudos clínicos patrocinados de diferentes especialidades. Nesse sentido, promove a elaboração, gerenciamento documental, certificação dos equipamentos utilizados nas pesquisas patrocinadas, auditoria interna do Centro de Pesquisa, regulamentação das pesquisas patrocinadas e coordena a visita de avaliação do Centro. É também responsável pelo recrutamento de pacientes (participantes de pesquisa), suporte técnico aos pesquisadores e treinamento de equipe.